产品研发是一项综合性的活动，几乎需要企业所有功能部门的参与。正是因为所有功能部门都参与到产品研发过程中，所以带来了部门协作和协调困难的种种问题，这些问题几乎出现在所有国内企业，不管它们在组织方式上是采用项目结构、功能结构还是轻度矩阵结构。

首先，各部门对产品研发的成功标准缺乏一致的认识。比如，技术部门认为只要产品顺利转入中试就成功了，制造部门理解的成功则是产品制造流程和工艺的稳定，而市场部门则关注产品何时上市、销量如何。各部门在产品研发过程中缺乏一致的目标是带来跨部门协作困难的根源之一。更有甚者，产品研发被认为只是研发部门的事情，其他部门只是义务配合一下，只是帮助研发部门做事情，这与产品研发活动的本质就相差太远了。

其次，在项目运作层面没有有效的运作原则和机制。绝大多数企业都会采用项目组的方式来负责产品研发。但是，真正有责有权、运作高效的项目组少之又少。更多的情况是，项目经理的角色更像一个行政管理人员、记录人员或协调人员，而不是项目领导者；项目组不是真正的跨部门团队，大多数项目组仅仅是由研发部门人员组成的；功能部门经理所拥有的权力和责任比项目经理大得多，责任划分模糊；项目成员对功能部门的忠诚远远超过对公司或项目的忠诚度，造成决策的狭隘性和低效。一旦出了问题，部门之间就相互抱怨及推倭责任，备忘录中常常出现这样的字眼：“市场部认为……”“工程部的看法是……”“生产部觉得……”我们曾经在一家中国企並做访谈时，该企业的一位中层管理者告诉我：“我们企业一旦出现问题，各部门首先表态不是他们部门的原因，首先把自己部门洗白。”

另外，跨部门协作的障碍来自文化的不支持。很多公司习惯于做事情各自为政，本位主义和官僚主义较严重，属于跨部门协作的“土壤”不良。